剝殼與仁殼分離工藝的選擇，對仁殼分離效果產生重要的影響。選擇合理的、完善的剝殼以及仁殼分離工藝才能取得好的仁殼分離效果。仁殼分離工藝應該根據油料籽的品種、剝殼設備型式、剝殼混合物的性質、油廠生產規模、設備投資、動力消耗等多方面的因素進行選取。

油料籽品種不同，剝殼后混合物的散落性不同以及仁殼之間的附著情況不同，分離工藝也是各有特點。比如，花生仁殼分離較棉籽仁殼分離容易，因此花生剝殼和仁殼分離工藝就較為簡單，而棉籽剝殼后的仁殼分離工藝就較為復雜。分離工藝的選擇還要考慮剝殼設備的型式。

剝殼設備的型式不同，剝殼后混合物的粒度組成和粉碎度就不同，分離工藝也有差別。比如采用圓盤剝殼機對棉籽剝殼，剝殼后混合物的粉末度大，但是剝殼率高，漏籽很少，分離工藝主要應該考慮強化對碎仁與碎殼的分離。若采用刀板剝殼機對棉籽剝殼。

剝殼后的整仁率比較高，混合物的粉碎度小，但是漏籽較多，因此分離工藝必須考慮對殼中未剝開整籽的分離，將未剝開整籽進行回收重剝。小型油廠常采用較為簡單的剝殼分離工藝，而大型油廠應該選用較為完善的循環剝殼或者兩次剝殼工藝。